Obrigada Nunes.
Ontem a SEFAZ publicou mais uma versão da NT, então podemos considerar o problema resolvido.
Estamos apenas aguardando a SEFAZ desativar a regra para esses cenários.
Alterações introduzidas na versão 1.71
Alterada a regra de validação E16a-40 para só aplicar a validação em operações que não sejam com exterior.
Obrigada
Jossiane